Le principal enjeu du réseau Natura 2000 est de maintenir, dans un état de conservation favorable à la biodiversité, les habitats naturels et les espèces d'intérêt européen tout en tenant compte des exigences sociales, économiques et culturelles des territoires.
Afin de répondre à cet enjeu, chaque Etat-membre définit sa méthode et ses outils. La France base ses actions autour de la concertation et du volontariat. Ainsi, la mise en place et l'animation de chaque site Natura 2000 en France s'articule autour de l'élaboration puis de la mise en oeuvre d'un document d’objectifs (DOCOB).
Ce document cadre établit des diagnostics écologique et socio-économique, détermine des enjeux et objectifs de conservation, déclinés en un programme d'actions.
L'élaboration du DOCOB est fondé sur un travail partenarial avec l'ensemble des acteurs locaux (groupes de travail, entretiens, ...) et sous l'égide d'un comité de suivi réunissant entre autre le Conseil Régional, des représentants de l’État, les collectivités territoriales, les propriétaires, exploitants et usagers.
Une fois le DOCOB approuvé par l’État, le comité de suivi est chargé de suivre, orienté et évaluer les actions mises en œuvre.
Mise en oeuvre du programme d'actions du document d'objectifs :
Pour appliquer les actions prévues par le DOCOB, 3 outils contractuels sont proposés aux propriétaires et exploitants, de façon à les impliquer dans la gestion du site et encourager les pratiques favorables à l’environnement.
Les mesures agri-environnementales et climatiques (MAEc)
Les exploitants de parcelles agricoles appartenant à un site Natura 2000 peuvent souscrire des MAEc. Ces mesures visent à favoriser la préservation de la biodiversité par des pratiques agricoles adaptées.
Les contrats Natura 2000
Les contrats Natura 2000 sont établis avec l’État sur les parcelles non agricoles appartenant au site Natura 2000. Ils apportent une aide technique et financière pour la réalisation de travaux de restauration et d’entretien des milieux naturels.
La charte Natura 2000
Démarche volontaire et contractuelle, l’adhésion à la charte Natura 2000 engage son signataire à développer une gestion durable de ses terrains. En contrepartie, le signataire bénéficie d’exonérations fiscales, dont celle sur le foncier non bâti.